Mathias, le seul habitant de Fort-Boyard, a déclenché une nouvelle catastrophe. Il alerte ses amis Jérôme et Émilie et les entraîne dans un souterrain qui vient de s’effondrer en révélant la présence d’un fabuleux bateau pirate !Les jumeaux explorent le vaisseau, une frégate armée tout droit surgie du passé. Puis ils reviennent sur les lieux avec leur cousine Capucine. Mais celle-ci est enlevée par un véritable pirate écumeur des mers, Jean Lafitte, tandis que des intrus investissent le Fort…