Ayant eu connaissance du passé de l’Académie, Mikan et les autres reviennent dans le présent. Mikan a décidé de fuir en compagnie de sa mère, Yuka, qui lui fait parvenir des cristaux d’alice. Son nouvel alice d’insertion donnera-t-il de nouveaux pouvoirs à ses amis ?! Pendant ce temps, Tonouchi apprend qu’il y a un traître parmi ses compagnons…