Médaka se rend chez son grand frère, un ancien de la classe 13, en compagnie de Zenkichi pour subir un entraînement intensif. Ils profitent ensuite du rendez-vous fixé par Ôdo pour tester l'efficacité de cet entraînement. Mais celui-ci leur révèle la réalité effrayante qui se cache derrière le "Projet Flasque" et qui concerne l'ensemble des élèves !