La Philosophie zoologique (1809) compte parmi les classiques de l'histoire des sciences. C'est l'acte de naissance du transformisme ; le temps fait son entrée dans l'étude des êtres vivants, et tout d'abord dans leur classification qui doit être généalogique : des êtres les plus simples, apparus par génération spontanée, dérivent des êtres de plus en plus complexes jusqu'à l'homme.Mais plus encore qu'un exposé du transformisme, la Philosophie zoologique est aussi le texte fondateur de la biologie. Non seulement Lamarck invente ce terme pour désigner la science des êtres vivants, mais il la définit comme science autonome, affirmant la radicale différence entre vivants et objets inanimés en même temps que l'identité des lois physiques régissant les uns et les autres.Texte foisonnant, enfin, cette oeuvre s'achève sur une extension du transformisme à la psychologie et l'exposé d'un modèle où les différentes opérations de la pensée sont ramenées à des mouvements de "fluides nerveux"...