Au XIXe siècle, l'État est lié officiellement aux cultes catholique, luthérien, réformé et israélite. Ce système coexiste avec un régime de libertés publiques restrictif, entravant la liberté des cultes non reconnus, et même des cultes reconnus, mais minoritaires, et porte atteinte à la liberté religieuse proclamée par les textes constitutionnels. Le système concordataire est considéré comme responsable de cette situation, ce qui contribue à engendrer le désir de séparation des Églises et de l'État. La réflexion sur les fonctions de l'État et des considérations relatives aux États pontificaux ou aux positions doctrinales de l'Église renforcent le camp séparatiste. Pendant la Troisième République, les opportunistes refusent la séparation pour mieux contrôler l'Église catholique, mais évincent celle-ci des services de l'État. En 1903-1904, divers événements rendent inéluctable la marche à la séparation. Promulguée le 9 décembre 1905, la loi de séparation présente un caractère libéral, qui ne doit masquer ni le contexte politique dans lequel elle est votée ni le projet idéologique sur lequel elle est fondée.