Assisté par Ryûji, Lightning a découvert de sombres secrets concernant la mystérieuse « section 13 » et la création d'un curieux « élixir ». Bien décidé à lui tirer les vers du nez, Lightning déboule alors chez Méphisto. Mais ce dernier, loin d'être inquiété par les menaces de l'Arch Knight, se contente de lui indiquer l'emplacement d'un lieu caché qui renfermerait bien des réponses...