Jûdaï Yûki est un élève prometteur de la Duel Academia, une école qui forme les futurs duellistes. Lorsque Shô, son meilleur ami est convoqué pour disputer un duel contre Ryûga, un professeur postulant, Jûdaï s'inquiète. De nombreuses rumeurs circulent en effet sur cet ambitieux personnage que l'on soupçonne de voler les cartes des élèves qu'il bat. Shô en fera d'ailleurs la douloureuse expérience ! Jûdaï ne peut laisser passer cette injustice, il provoque Ryûga en duel ! Parviendra-t-il à récupérer le bien de son ami ?