Les rebondissements s'intensifient dans cette finale de la première grande histoire de l'Agent Jean! Une terrible explosion a transformé l'Agence en ruine. À son réveil, l'Agent Jean trouvera très vite Henry, qui l'aidera à reprendre le contrôle de l'Agence et, s'ils en ont la chance, à retrouver des survivants de la catastrophe. Ensemble, ils découvriront les dessous du plan orchestré par le Castor et Julien-Christophe. L'aventure ne sera pas de tout repos, car un ancien personnage réapparaît : l'Ultra-Jean, bien décidé lui aussi à dominer le monde!