Son alice du vol étant convoité par le directeur du Primaire, Mikan s'est réfugiée dans le lycée mais y apprend les faits bouleversants entourant sa naissance ! Puis, accompagnée de Natsumé, Hotaru et Luca, elle décide de faire un voyage temporel dans le passé, à l'Académie Alice. Quelle vérité vont-ils découvrir ?  C'est le début de l'arc “le Passé de l'Académie” !